まずは原因を考えてみる

本体ディスクの容量がMDのままになっている原因を考えてみる。

1. システム領域としてマシン側を騙せなくなっている(成功者がいるのでありえない)
2. CFの相性が非常に悪かった(MDの代わりに起動しているのでこれはない)
3. 初期化した際にOSに登録されている情報を元にしている(これが有力、フォーマットするべ)

ということで、フォーマットしてみました。環境構築は楽しいのでバックアップはとらない。
HDD3をDDしていなかったため、何かしら恐ろしい結果を招きはしないかとビビリモード。
起動画面をジッと見つめます。ちょっと気になるのはSDのマウントに引っかかりがあること。
CF自体は問題なく、工場出荷時に戻ってくれました。ありがたや。
で、問題の本体ディスクの容量ですが、見事にCFのサイズを示しています。